肛瘘早期主要症状表现为局部的红、肿、疼痛以及发热。典型症状以反复发作的局部红肿、破溃、流脓为主。多数病人早期感觉肛门周围出现脓包，部分病人误以为痔疮没有引起重视，延误病情，导致肛周红肿范围扩大，形成肛瘘。肛瘘不能自愈，常需手术治疗。病人出现肛门周围肿痛、破溃、流脓且反复发作时，应立即到专业医院就诊治疗。
轻微肛瘘临床表现是常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状。局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻，大部分病人可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。
肛门流脓：肛门周围反复流脓水是肛瘘的主要症状，其特点是流脓时多时少，反复发作，缠绵不愈，肛门经常潮湿，内裤不干净，给生活上带来很多不便。疼痛：肛瘘不发炎时，一般是不会疼痛的，但如果局部发炎，脓液排不出，肛门局部就会出现肿瘤痛难忍，坐卧不安，随着脓液的排出、疼痛会逐渐减轻。
肛周湿痒：由于脓液刺激，局部潮湿、瘙痒，可见湿疹样改变；排便不畅：见于复杂性肛瘘，肛管纤维化狭窄。有肛管直肠周围脓肿史，管道外口有反复溃破流脓的特点，有间断性肿胀、疼痛；癀口溢脓：脓液稀薄，或多或少，时有时无，或排气，或有粪便流出。急性炎症期溢脓较多，脓稠浊带有臭味，伴有发热。
肛瘘的临床表现常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状。继发感染时有不同程度的体温升高等全身症状。脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。
瘙痒：肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。疼痛：若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。硬结或瘢痕：由于瘘管壁及瘘口的反复刺激，使纤维组织增生，在管壁和瘘口形成质韧的结缔组织，常表现为瘘管周围皮肤变色，表皮脱落，凹陷变形，触及条索状硬结通向肛门内。