生理性囊肿在月经结束后是会自然消失的，不用治疗，巧克力囊肿是需要考虑手术治疗的，具体的应该去医院检查一下，根据检查结果采取相应的治疗。平时注意休息，多吃新鲜的水果和蔬菜。
生理性卵巢囊肿通常发生在排卵周期的育龄妇女，异常量的液体聚集在滤泡内或黄体内，形成滤泡囊肿或黄体囊肿.这种功能性囊肿有时会很大，但不管用药与否，通常会在三个月内自行消失.事实上，有些卵巢囊肿是生理性的，可自然消退，无需治疗，有些则是卵巢囊性肿瘤，应该手术切除。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的，一般会引起痛经，而且会有进行性加重的，有的人还会引起性交痛，不孕，甚至月经不调。如果症状不明显，可以采取药物保守治疗，但是比较明显的就要注意做手术治疗了。
不一定。巧克力囊肿的治疗原则是：对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，在非月经期复查，平时要注意一下休息。
一般所说的生理囊肿多指，黄体囊肿，或者黄素囊肿，或者滤泡囊肿，多为女性一个月的生理变化过程，由生理变化所引起的，例如黄体囊肿，则是在排卵后，黄体峰值期，因黄体素持续分泌，从而形成潴留囊肿，但随着月经的来潮，下次月经的开始，黄体峰值期的衰退而消失或者缩小。
巧克力囊肿平时一般会引起痛经明显，这可结合B超检查帮助诊断，而生理性囊肿只需要在月经前后观察囊肿是否有减小的趋势，如果有减小则是生理性囊肿。一旦确认是巧克力囊肿就需要进一步确诊要通过手术切除到组织送病理检查明确。以免囊肿继续增大，影响增大也会对生育不利。