生理性卵巢囊肿通常发生在排卵周期的育龄妇女，异常量的液体聚集在滤泡内或黄体内，形成滤泡囊肿或黄体囊肿.这种功能性囊肿有时会很大，但不管用药与否，通常会在三个月内自行消失.事实上，有些卵巢囊肿是生理性的，可自然消退，无需治疗，有些则是卵巢囊性肿瘤，应该手术切除。
巧克力囊肿与体内激素水平有关，药物治疗仅仅能抑制内膜的增生，还不能完全治疗好，巧克力囊肿有缩小，可是采用药物治疗，但是不能盲目的治疗，如果想尽快要孩子，就需要通过手术治疗，因为药物治疗疗效慢。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，即有生长能力的子宫内膜组织出现在子宫腔以外部位，就是子宫内膜出现在一个不该出现的部位。长在卵巢上的异位症经常形成囊肿，因囊肿内的出血日积月累，变得象巧克力浆一样，所以称“巧克力囊肿”。
巧克力囊肿是一种肿块，并不是肿瘤那样的病，只是属于一种病变。巧克力囊肿还会导致怀不上孩子的，所以，如果经过检查，真的发现巧克力囊肿，一定要积极的选择手术，但是巧克力囊肿还是一种比较麻烦的病，如果异位生长，每次切除之后都会重新长出来，所以为了保证生育能力，还是选择手术比较的好。
如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随着经血逆流经过输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其它部位形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也会受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血。如果病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大形成内含有陈旧性积血的囊肿。
巧克力囊肿一般是由子宫内膜异位引起，导致月经逆流到盆腔，形成陈旧的淤血肿块。一般伴有月经不调，淋漓不尽，痛经，性交痛以及不孕等，患者放松心情，不用太紧张，这种巧克力囊肿，如果体积过于大，可以选择手术治疗的，子宫内膜异位症引起来的，只能是对症治疗的。
