如果指甲出现凹凸不平，多见于缺乏维生素或者是微量元素导致的，如果比较厚，应该是真菌感染，颜色改变，俗称灰指甲，一旦确诊灰指甲以后注意局部的清洁卫生，多吃含铁，蛋白质的食物，如木耳，大枣，乌鸡等。再配合中药调理一下体质。
一般情况下，大脚指甲凹凸不平可能是缺乏微量元素、真菌感染等因素造成的，具体内容如下：
1.缺乏微量元素：如果患者挑食、节食，可能会导致体内缺乏微量元素，可能会影响指甲生长，可能出现大脚指甲凹凸不平的情况。患者可以遵医嘱使用葡萄糖酸钙口服溶液等药物进行治疗。
2.真菌感染：如果患者不注意个人卫生，可能会感染真菌，可能诱发甲癣，可能导致大脚指甲凹凸不平。患者可以遵医嘱使用复方氨维胶囊、盐酸特比萘芬软膏等药物进行治疗。
可能是过性的损伤甲床，从而形成指甲的不平。另外如是缺乏微量元素，缺乏必要的营养物质尤其是蛋白质，严重消耗性的疾病，如严重的肝病、糖尿病等，也可以导致指甲凹凸不平。
脚趾甲出现凹凸不平，有可能是由于真菌感染导致的甲真菌病，也有可能是外伤后导致的甲营养不良，一般甲真菌病多发生在有足癣的人群中，需要结合真菌镜检，真菌培养帮助明确诊断。
大拇指指甲凹凸不平，很有可能是甲真菌病，甲真菌病多由手足癣直接传染，易感因素有遗传因素、系统性疾病如糖尿病，局部血液或淋巴液回流障碍，甲外伤或其他的甲病等，甲真菌病主要由皮肤癣菌感染引起，其次为酵母菌和非皮肤癣菌性真菌，皮肤藓菌包括红色毛癣菌、须癣毛癣菌、絮状表皮癣菌，其中红色毛癣菌占首位，酵母菌主要是念珠菌、马拉瑟拉菌，其他真菌包括柱顶孢霉等。
脚趾甲是由硬角质蛋白构成，生长需要钙、锌、蛋白质和维生素，这些物质缺乏，指甲生长缺少营养，导致趾甲出现凹凸不平的情况。补充趾甲生长所需维生素和蛋白质，就可以好转或消失。