如果是低位单纯肛瘘，到正规医院就诊，由富有经验的肛肠科医生实施手术，术中准确找到感染肛腺，并且予以适当处理，术后几乎不会复发。如果是高位复杂肛瘘，即使到正规医院，由富有经验的肛肠科医生实施手术，仍然有比较高的复发几率。所以，肛瘘术后复发率不能一概而论，要看是低位单纯肛瘘还是高位复杂肛瘘，高位复杂肛瘘术后甚至有50%的复发几率。
目前治疗肛瘘性的疾病主要是采取手术的方法进行治疗，但是根据临床方面的统计，病人在接受了肛瘘手术后是很容易复发的，一般凡是经过肛瘘手术治疗的病人96%以上都会出现复发的现象。也就是说肛瘘手术后复发率高达96%甚至以上。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘手术后有复发可能性，需要当地正规综合性医院肛肠科检查明确，必要时肛诊等检查，确诊复发必要时进一步手术治疗。忌辛辣刺激食物，饮食清淡，注意肛门清洁卫生，应用消炎膏，抗生素治疗等医院肛肠科检查明确，必要时进一步手术治疗复发肛瘘。
术后的二十四小时之后，要将伤口里面的填充物取出来，按时服用抗生素。肛瘘术后四十八个小时之后促进排便。日常要适当地做肢体动作，可以增强体质，对伤口的恢复更加快速。
