普通肠镜的腹痛程度主要和内镜医师的操作水平，肠道病变的情况以及被检查者的耐受度有很大的关系。大部分情况下肠镜引起的腹痛症状均是在可以耐受的范围内，但是对于过度紧张、肠道走行迂曲、炎症性病变明显、肠道准备不充分的人群，进行肠道检查时有可能疼痛较为明显。当然如果内镜医师经验尚浅，操作不规范、进镜过快、注水注气过多也可以造成明显的腹痛。有时腹痛剧烈，难以忍受。
无痛肠镜比较好。
无痛肠镜和普通肠镜的操作方法一样，均需要行肠道准备，经肛门插管进镜，一边充气一边循腔进镜，一直到达回盲部，再退镜观察整个大肠的情况。无痛肠镜就是在全麻的条件下行的普通肠镜检查，无痛感，如果受检查者因为恐惧的心理没法接受普通的肠镜检查，可以选择做无痛的肠镜检查，但是无痛肠镜需要打麻醉，所以可能会存在一定的麻醉风险以及麻药的副作用，医生一般建议做无痛的肠镜检查。
建议去肠胃科做检查，根据检查结果来判断适应哪种方法。日常生活中需要注意肠胃的保护，改善饮食习惯，有利于肠胃的吸收。
通常来说，普通肠镜检查会有一定的痛苦感。
肠镜是一支细长可弯曲的医学仪器，直径大约1厘米，结肠镜通过肛门进入直肠，直到大肠，可让医生观察到结肠和大肠的内部情况。结肠镜检查是医生用来检查大肠及结肠内部病变的一种诊断方式。而普通肠镜检查一般不会进行全麻，所以会有一定的痛苦感。建议术前做好清洁工作，以免加重不适的症状。
两者各有优缺点。应该看自身具体情况去选择。普通肠镜的话，一是价钱比较便宜，而且预约时间比较短，再就是操作过程中如果有不舒服的情况可以及时告知，减少肠穿孔的风险。缺点就是有些人不能耐受，会中途停止操作。无痛肠镜优点是检查痛苦比较少，完成度高，但是如果有心血管疾病基础的病人会存在麻醉的风险，如呼吸抑制、心律失常，还会增加肠穿孔的风险。
非常客观地说，结肠镜检查没有痛苦。只有看到结肠镜这么长，以至于它从肛门插入肠道。首先，有一种恐惧感。如果受到刺激，会感到过敏。只有在检查过程中，才会将二氧化碳气体注入肠腔，使肠道扩张，以便更好地观察。有时感觉有点腹胀，医生会在检查前尽可能释放气体。