得肛周脓肿，可先采用抗生素类药治疗，还可以配合热水坐浴及局部理疗等，如果严重则需要手术治疗。治疗期间，饮食忌食一切辛辣刺激性食物，如酒、葱、大蒜、辣椒等；而应食含纤维素丰富的食物，如青菜、竹笋等。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
多喝水，注意肛门清洁，多休息，加强营养，多吃蔬菜水果，避免受凉，先用药物，上药治疗3天后手术治疗，也可在配合上坐浴治疗，平时饮食方面要清淡些，不要吃辛辣刺激性大的食物，多注意休息会好些的。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
初期肛周脓肿可以选择有效的抗生素治疗。肛周脓肿多由肛腺感染经内外括约肌间隙向下经外括约肌皮下部向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部。局部可见肛门边缘皮肤红肿，伴硬结和触痛，后期可有波动感。