复杂性肛瘘术后复发率较高，早期挂线手术复发率约为20%-40%，国外切除瘘管保留括约肌术复发率约为20%。目前临床倾向于将瘘管全部切除，用亚甲蓝进行染色，保留重要括约肌，手术复发率较低，约为1%-2%。临床认为高位复杂性肛瘘是难治性疾病，术后复发率较高，可能沿着肛门呈马蹄形，术前较难以明确其具体分支，手术过程中要用亚甲蓝进行染色。
复杂性肛瘘复发的原因考虑是支管清创不彻底等导致的，肛瘘一般是由三部分组成的，也就是内口、窦道、外口，组成简单的肛瘘，如果外口封闭，形成脓肿，积聚到一定程度就会从肛门其它地方破溃而出，这时候就相当于有一个内口，两个或两个以上的外口，这时候就称为复杂性的肛瘘。
高位复杂性肛瘘应通过手术切除病灶、术后引流和及时换药进行治疗。肛瘘主要是由于肛周脓肿或肛裂症状，未能及时有效控制，导致肛门内瘘形成和外溃疡或便血。应注意预防肛门疾病的发生，补充粗纤维食物，多运动，保持肛门局部清洁。
肛瘘手术后部分容易复发，尤其是高位复杂性肛瘘。肛瘘是一个临床上常见的疾病，是肛周脓肿破溃形成的一个疾病，反复的肛周破溃流脓，严重影响病人的生活，工作和学习，肛瘘的治疗后的复发问题也是一个困扰医生和病人的问题，好多病人因此迟迟不接受手术，引起严重的并发症。高位复杂性肛瘘复发的可能性还是存在的，这是因为瘘管的复杂程度决定的。
高位复杂性肛瘘术后复发率较高，早期挂线手术复发率约为20%-40%，国外切除瘘管保留括约肌术复发率约为20%。目前倾向于将瘘管全部切除，保留重要括约肌，手术复发率较低，约为1%-2%。认为高位复杂性肛瘘是难治性病，术后复发率较高，可能沿着肛门呈马蹄形，术前较难以明确其具体分支。常见高位复杂性肛瘘主要包括外口、内口，甚至可达到骨盆直肠窝。