得了肛瘘对生活质量的影响很大。肛瘘的治疗，有传统治疗和仪器治疗两种。可以采用仪器手术。因为现代人的工作，生活比较繁忙，治疗就要求高效。仪器治疗具有恢复快，无痛，微创的特点，病人术后当天就可以回家，不影响正常的工作及休息。
内口的处理可以每天按压肛门挤出里面的脓水，别让脓水聚在里面，可以口服抗炎药物治疗，每天在指导下可以坐浴治疗，让内口慢慢长好，不要吃辛辣刺激的食物。平时注意饮食，注意自身的营养均衡。
对于低位肛瘘，选择直接把内口切除。对于高位复杂性肛瘘，直接切除会切断很多括约肌，如果这部分括约肌突然被切断，有可能导致肛门撕裂，采用橡皮筋挂线疗法，利用橡皮筋的弹性，逐渐切割开这部分括约肌，时间稍微要长一点，不会突然导致大部分括约肌的切断而导致肛门失禁，这是一种很安全的做法。后期随着橡皮筋把这部分括约肌切割开，创面慢慢长好，内口就不存在了，就能治好这种疾病。
对于低位肛瘘，选择直接把内口切除。对于高位复杂性肛瘘，直接切除会切断很多括约肌，如果这部分括约肌突然被切断，有可能导致肛门撕裂，采用橡皮筋挂线疗法，利用橡皮筋的弹性，逐渐切割开这部分括约肌，时间稍微要长一点，不会突然导致大部分括约肌的切断而导致肛门失禁，这是一种很安全的做法。后期随着橡皮筋把这部分括约肌切割开，创面慢慢长好，内口就不存在了，就能治好这种疾病。
瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成。瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升，以后封闭的瘘口破溃，又排出脓液，也可从瘘口排出气体或粪便。