乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
灭活疫苗与减毒疫苗有区别，灭活疫苗中的成分是死的，所以也可以通常上称作死疫苗。在注射入人体之后，疫苗之中的病原微生物的成分，并不会进行任何程度上的增殖。而减毒疫苗，之中的成分是活的，所以也可以通常的称为活疫苗。减毒疫苗注射入人体之后，可以进行一定程度上的增殖，这些病原微生物进行增殖之后，可以造成身体的免疫反应，比较有可能让身体产生抗体。
甲肝减毒活疫苗是指毒性减弱，但保留抗原性，相对于灭活苗，减毒活疫苗产生的免疫速度更快，效果更强烈，但具有潜在致病风险，只需接种一次。灭活疫苗是使病毒完全丧失活性，需要接种两次。
甲肝减毒活疫苗与甲肝灭活疫苗的区别，就是疫苗中的病毒成分是否还存在活力。甲肝减毒活疫苗中的成分，存在一定病毒活性。注射入人体后，这些病毒还能在一定程度上进行增殖，从而让身体免疫系统消灭它。而甲肝灭活疫苗，其中的成分注射入人体后不会产生任何增殖。
甲型肝炎疫苗有甲型肝炎灭活疫苗，和减毒活疫苗两大类。因为制备原理的不同，在有效性和安全性上存在差异。相对于减毒活疫苗，灭活疫苗具有更好的稳定性，而甲型肝炎减毒活疫苗的价格相对便宜。通俗一点讲，即疫苗是活的，但通常选用的是无毒或毒力很低，但免疫性很高的病毒或支原体种株培养繁殖后制成。
主要区别是差在了病毒的活性上，一个是没有活性的病毒，一个是活性较低的病毒，甲肝灭活疫苗的制备相对简单，安全性也高于甲肝减毒活疫苗，但是接种后的疗效相对不如甲肝减毒活疫苗。