任何一种治疗方法都具有两面性，在具有疗效的同时，往往不可避免的出现副作用。但是免疫治疗通过免疫系统起作用，所以的副作用较小，像常用的PD-1抗体治疗、肿瘤疫苗治疗，尽管有副作用，但是严重的副作用发生率非常低。相对于化疗、放疗，甚至靶向治疗，免疫治疗的副作用非常微小。但微小不是说没有，大概8%-9%的病人会出现较严重的副作用。
生物免疫治疗是近些年来发展起来的、恶性肿瘤的最新治疗方法，也被称为未来恶性肿瘤治疗中最具有治疗前途的一种诊疗方法。生物免疫治疗具有很好的治疗前景，但是，也具有很多缺点，主要包括，很少能发现与免疫治疗直接相关的免疫性靶点，以及相关的免疫性有效预后因素。其次，免疫治疗过程中会产生很多免疫性肺炎、免疫性肝炎、免疫性皮肤反应等不良反应，这些都会影响病人的治疗。
免疫治疗的具体措施分为两类，特异性免疫治疗，皮下接种治疗过的自体肿瘤细胞或佐剂，以及各种生物制品，如白细胞介素、肿瘤坏死因子、肿瘤核糖核酸等，非特异性免疫治疗，生物制品，如卡介苗、棒状杆菌等。转移因子，干扰素和胸腺肽。
免疫治疗，分为主动免疫治疗和过继性免疫治疗。主动免疫治疗是调动患者的自身免疫细胞的能力杀伤肿瘤，过继性免疫治疗是把其他人或其他位置培养的免疫细胞回输到患者体内，对肿瘤进行控制和杀伤。
免疫治疗需要的次数和时间，不同免疫治疗方法，应用症状不一样。如现在常用的PD-1抗体治疗，需要两年时间治疗。两年时间不是绝对的，如果病患在治疗的过程中出现了副作用，应该及早停药。
从有效率上来说，单药免疫治疗肺癌有效率还不高，它的有效率一般只有百分之二十到百分之三十，这个有效率比较低。另外一个重要的缺点，是它的毒副作用。尽管免疫治疗的副反应非常小，但是毕竟还有一部分人会出现严重副反应，这些严重副反应表现多种多样，它可以表现为间质性肺炎，也可以表现为胃肠炎，还可以表现为肝炎、肾炎，甚至出现甲状腺功能减退，也非常常见。