长期高蛋白饮食会损害肾脏功能，对肝脏、胰腺、骨骼造成负面影响，并且会加快身体衰退。
如果长期高蛋白饮食，因其代谢产物如尿素、尿酸、肌酐等含氮物质均从尿液中排出，就会增加肾脏负担，甚至使肾脏长期处于“超负荷”状态，会损害肾脏功能；高蛋白饮食可能会功效于机体，减少身体的免疫力功能、产生氧化应激反映、影响消化道的可靠性等，对肝脏、胰腺、骨骼等身体组织造成负面影响；摄取过多的蛋白也可能加重在人体内产生的美拉德反应，加快身体衰退。
建议普通人每天的蛋白质摄入量应为0.8克/每公斤体重，在进行高蛋白饮食的同时要注意多喝水，有肾病、糖尿病或其它慢性疾病，最好向医生咨询是否适合吃高蛋白饮食。
高蛋白饮食可能会导致心脏病，引起骨质疏松等疾病。
长期吃高蛋白食物往往使得LDL胆固醇升高，血液中高LDL胆固醇可堵塞动脉，是心脏病发作和脑卒中的罪魁祸首。医学数据证明：摄入的动物蛋白每增加1g，就会导致平均1.75mg的钙从尿中消失。带来的直接后果就是骨质疏松和肾结石。高蛋白会引起肾小球超滤过，进而引起肾小球超滤过和肾充血从而导致肾损害。高蛋白饮食可能会作用于机体，降低人体的免疫机能、发生氧化、干扰消化系统的稳定性等，摄入过量的蛋白质也可能加剧在人体内的美拉德反应加速人体衰老。
建议适当食用高蛋白食物。日常注意多喝水，早睡早起，注意饮食习惯，多吃新鲜的蔬菜和水果，适当的晨跑，促进消化。
高蛋白食物进食过多首先会引起食欲不振，排便不畅，进一步高蛋白食物分解被人体吸收，然而不能把热量完全消化，则会变成脂肪或者肥肉积聚在身体，导致肥胖。而如果长期高蛋白饮食，并且分解不完全，还会导致尿酸偏高引起痛风症，以及尿蛋白。堵塞肾小球，导致肾功能下降，肾炎，甚至肾衰竭。
进食蛋白质的食物以后，在一定程度上加重了肾脏的负担，但是只要肾脏是健康的，那么这些蛋白质就可以通过肾脏代谢掉。长时间要高蛋白饮食，十年或者二十几年并没有损害身体健康，并不能说蛋白质对身体有害。
高蛋白饮食对于已损害的肝细胞具有促进修复作用。有肝部疾病的病人每天摄入高蛋白质宜为100～120克，同时应注意有一定数量的优质蛋白。如果有昏迷的问题，就要控制蛋白的摄入了。
适量进食高蛋白食物，一般不会诱发，但过量则会加重肝的负担，而成为诱发因素之一，建议适量进食豆制品以补充蛋白，避免便秘，以免肠道产生氨类物质而引起血氨升高，诱发肝性脑病的发生。对于有肝硬化的病人，其诱发肝性脑病最常见，也最危险的因素是上消化道出血。