治疗癌症的主要方法有手术、放疗和化疗三种方式。三种方式可以交叉使用，有的需要在手术之前进行放疗或者化疗以改善肿瘤的大小，改善局部的症状；有的需要在手术切除之后再结合肿瘤的分期进行放疗或化疗治疗。
可以用放射治疗。肛门部鳞状细胞癌和基底细胞癌，对放射线甚为敏感。根据患者的全身情况及肿瘤的局部情况，可选择使用X线体外放疗、镭放疗、钴放疗、电子加速器放疗，也可结合手术治疗。在术前应用可提高切除率，术后应用则可减少复发，提高疗效。
肛管癌如果在早期就接受治疗的话，是存在治好的，肛管癌是发生在齿状线及其下方至肛门口的癌症，有鳞状细胞癌，首选的治疗方法放疗联合化疗，手术治疗适用于体积较大，放疗联合化疗后肿瘤残留和肿瘤复发者，基底细胞癌治疗以手术切除为主，根据肿瘤的大小及浸润程度，采取不同的手术方式。
肛管癌病者可出现大便习惯改变，排粪次数增加，常伴里急后重或排便不尽感，有时伴有便秘，腹泻等症状，大便时出现肛门部位疼痛。肛管癌的确诊最终需要组织活检病理检查为主。
肛管癌等症状在早期不明显，包括大便改变、便秘或腹泻。然后是粪便形状的变化，伴随着黏液或脓和血便。然后是局部疼痛，如肛门疼痛。有些人还会有肛门瘙痒的症状。因此，如果出现这样的症状，应该及时去医院进行手指检查和病理检查。