骨髓移植是治疗重型再障，在有同胞全合的情况下去选用。它的风险是，第一有20%左右的移植相关死亡，包括在移植过程中，会出现植入不良；并发感染出血；也可能出现排异，排异会导致一定的风险；还有疾病复发。另外一个风险，就是费用比较高。半相合供者原来认为风险很大，因为排异非常明显，半相合移植随着技术地改进，移植相关死亡率和并发症，已经大大地缓解了，对于一些非常难治的再障，尤其是年轻的病人，还是推荐去做的。
骨髓移植排斥反应常见的为移植物抗宿主病，分为急性移植物抗宿主病和慢性移植物抗宿主病。典型的急性移植物抗宿主病发生在移植后2-4周，主要表现为皮肤红斑和斑丘疹，持续性厌食和腹泻，肝功能异常等。急性移植物抗宿主病的预防更为重要。
骨髓移植对捐献者的要求有很多方面，首先捐献者身体里没有传染病。适合捐献骨髓的年龄为18－45岁，健康要求如同献血，既不能因捐献骨髓而影响捐献者的健康，又不能因接受骨髓而使患者增加新的不利因素，重要的是捐献者必须无可经血液传播的传染病：如乙型肝炎、丙型肝炎、艾滋病等。
可能是骨髓移植前给予了大剂量的化疗方案预处理，预处理后处于严重的骨髓抑制期，血小板数量严重减少。骨髓移植以后血小板数量还没有恢复到正常，如果血小板数量严重减少，就有可能会发生严重的颅内出血而导致早期死亡。
骨髓移植之后需要一段时间融合，但是短时间自身的免疫能力还是不如常人的，所以要特别注意平时的生活饮食习惯。多吃一些清淡的食物，多吃一些新鲜的水果蔬菜多喝水增强自身新陈代谢。