在治疗小儿心房颤动时，要明确其发病原因和诱发因素，并针对其原因和诱发因素进行处理。
由于甲亢、甲减、先心病导致的心脏增大等原因，需要采取药物、外科封堵等方法进行处理；肥胖、急性肠胃炎引起的电解质紊乱、植物神经紊乱等都是诱发因素。如果在原发性或诱发因素得到抑制后仍存在房颤，可以使用抗房颤的药物，如果药物的抑制不了，可以考虑进行导管消融。具体的使用方法要根据临床情况，在医师的建议下进行。
持续性房颤的治疗涉及到其病因的治疗。与甲状腺功能亢进一样，甲状腺功能亢进可引起持续性房颤，因此治疗甲状腺功能亢进有助于持续性房颤的治疗。控制心室率，重建窦性心率，预防栓塞。由于地高辛能增加房室传导的延迟和阻滞，故通常可通过地高辛控制心室率。例如，独自地高辛不够有效。维拉帕米(维必定)最有效。
48小时内心房颤动可以直接复率，否则需要前三后四周的抗凝治疗，房颤治疗主要是控制心室率，复率，预防并发症三种，房颤发病和高血压，冠心病，瓣膜病，甲亢有关系。可以到心内科诊治，注意休息劳逸结合，避免焦虑，戒烟酒，避免刺激性食物。
一般情况下，异位心律心房颤动需通过转复窦性心律、控制心室率、抗栓治疗3个方面来进行。具体分析如下：
1.转复窦性心律：假如房颤发生在48小时之内，需给予药物或者电转复，转复为窦性心律。长期的持续的房颤可进行射频消融治疗，使房颤转为窦性心律。
2.控制心室率：长期持续性的房颤心房较大，即使转为窦性心律而不能维持的患者，以控制心室率为主，在静息状态下控制在80次/分以下，活动的状态为100次/分以下。
3.抗栓治疗：假如房颤超过48小时，心脏内容易形成血栓，血栓脱落易堵塞脑血管形成脑栓塞。要给利伐沙班和华法林等抗凝药物治疗，其中，华法林须监测凝血指标INR。
心房颤动的治疗是一个综合的治疗过程。首先，应该控制心室率，不要跳得太快。其次，它可以尽可能地转换成窦性心率来控制心率。最后应对所有房颤患者进行血栓栓塞风险评估。心房颤动最严重和最常见的并发症是血栓栓塞。评估后，应提供适当的抗凝和抗血栓治疗。