甲减对人体危害很大，甲减如未得到及时治疗，可出现垂体增大。皮肤干燥、真皮粘多糖浸润。代谢减低，体重增加。味觉差，胃粘膜萎缩，胃酸分泌减少。还有妇女月经紊乱或月经量多。这些都是甲减的危害。
甲减对于身体的危害实际上是相当大的，发生于胎儿或者新生儿的甲减会出现呆小症，病人不仅生长发育障碍，而且智力是减退的。对于青少年的甲减会引起病人个子矮，智力的减退，学习能力的下降。对于成年人的甲减，严重的可以引起粘液性水肿、昏迷、心衰。
甲状腺功能减退对人体也有一定的不良影响。
甲状腺功能减退患者会出现一系列的症状和体征，比如肠蠕动减慢导致便秘，女性出现不孕、月经不调等症状，还可能使患者出现乏力、怕冷、食欲减退、体重增加等症状，同时还会感觉到颜面部，眼睑和手脚肿胀，甚至可以通过抽血来检测贫血，高脂血症。这些都是甲减控制不住之后会影响到身体的。所以一旦确诊了甲减，一定要积极治疗。
甲减会影响神经系统，消化系统，脏器，儿童还会影响生长发育等。甲减患者常伴有心包积液，心率变慢，心肌胶原纤维肿胀；患者常有精神不振、记忆力减退、智力低下、反应迟钝，还会有抑郁的可能；女性甲减常有月经不调，男性甲减患者可能有睾丸萎缩、性欲下降，长期甲减会导致不孕不育；患者会有腹胀、便秘、无食欲，还有部分患者胃酸缺乏；儿童甲减还会影响生长发育，使儿童发育迟缓智力低下。患者可能还会有肌肉疼痛、慢性关节炎等。建议:及时用药、补充甲状腺的功能，定期化验甲状腺功能、密切监测甲状腺功能的变化，饮食方面还要少吃含碘高的食物，像海带、海鲜、碘盐等都要少吃。
甲减的病人不推荐抽烟，而无论是甲减患者，仍是正常的人，均不宜抽烟，由于吸烟对于人体的伤害尤其严重。
比如甲减患者，可导致病人本身持续患甲状腺相关性眼病，而吸烟则是甲状腺相关性眼病发病的主要原因之一，因此，危害尤为严重。另外还有一种情况就是在吸烟者当中，有一部分人是由于长期大量的吸烟所引起了慢性支气管炎和肺气肿等肺部病变。而若抽烟后，会使身边人被动地吸入二手烟，还会给身边的人带来巨大的冲击，因此主张甲减患者，或者是有别的病的人，和正常的人都会劝戒烟。