平时没有口臭的人晨起也不会有口臭，若平时就有口臭，那口臭在每天早晨刚醒来时可能是最严重的。因为在睡眠时，口腔活动减少，唾液分泌减弱，细菌大量繁殖，产生大量使人不愉快的气体。
早晨口臭可能与口腔和胃肠道疾病、鼻咽部的疾病、呼吸道疾病等都有可能有关联。吸烟、饮酒、喝咖啡，以及经常的吃葱、蒜、韭菜等辛辣刺激的食物，或者是嗜好臭豆腐等具有臭味食物的人，也容易引起口臭。此外，晚上如果吃得过饱，吃得过于油腻，或者是辛辣刺激性的调料，也会导致早晨有口臭的问题。
主要是由于经过夜间一夜的细菌发酵，口腔内的细菌含量会增加的特别多，细菌产物也会特别多，在早起的时候就会有轻微的口臭，只要经过正常的刷牙漱口就可以去除掉。但是对于口腔卫生不好，存在牙龈炎、牙周炎或者龋齿的病人，在早晨起床之后口臭就会特别严重，这类病人口腔内细菌会非常多。
宝宝早上起来的时候有口臭现象，还有可能是出现了消化不良现象，这与家长喂养不当，以及饮食不洁有关系，这种时候家长可以带宝宝适当的进行运动，并且在饮食上多吃一些能够帮助消化的食物，这样能够有效的减轻口臭的症状。
口臭一般有生理性的原因和病理性的原因，生理学的原因，比如吃了韭菜、抽烟、不好好刷牙，或者是喝酒、吃肉、熬夜、失眠等。还有一种原因是病理性，大多数还是牙齿的问题，比如牙龈炎、牙周炎、蛀牙等，还有可能是胃肠道的疾病，如胃食管反流病、消化不良和便秘等。幽门螺杆菌感染也可以引起口臭。