智齿没拔干净会导致拔牙创口的继续损伤，造成牙龈发炎，引发口腔疾病。智齿没有拔除干净，如果剩余的是部分的牙冠或者牙根，并且牙根的长度多于2mm，会导致拔牙创的再次感染。如果滞留的是低于2mm的牙根，这种情况可以不用再继续进行处理。牙根有可能会和牙槽骨融为一体，或者有可能牙根会慢慢出现吸收，还有可能是牙根慢慢的会排出来，在口内表面浅表的位置。如果出现以后可以再次拔除，可以防止拔牙创的继续损伤，尽量把拔牙创的损伤控制在最小。但是如果高于2mm，或者有残冠留出就一定要清理干净。智齿位置特别深，残留根尖比较小，可以留置观察；如果残留根尖比较大，建议及时到医院拔出，否则可导致发炎。
牙根没拔干净会造成发育和感染，影响临近牙齿的健康。牙根没拔干净会妨碍拔牙创口的愈合，引起明显的疼痛和肿胀，演变成慢性炎症病灶，引起拔牙创口或全身其他部位的感染，如果长期不处理，即使消炎后缓解了疼痛，还有可能会出现根尖肉芽肿、根尖囊肿甚至可能出现颌骨囊肿，如果不修复，两侧的邻牙可能向缺隙处倾斜，对颌牙也可能向缺隙处伸长，从而会引起咬合关系紊乱。建议去医院进行x光片的检查，根据具体情况对断牙进行处理;近期饮食上要注意清淡。
智齿没拔干净需要再次到医院把智齿拔干净，否则容易引起智齿冠周炎。智齿冠周炎会导致强烈的疼痛感，还会影响正常的咀嚼功能，需要在医生的指导下口服消炎的药物治疗，等炎症消失之后再将牙齿拔除。拔牙后要注意保持口腔内的清洁卫生，不可以吃辛辣刺激性的食物，以免影响牙龈恢复。
矫正牙齿的时候牙齿没拔干净很可能会导致出现疼痛的症状，也有可能会影响到矫正的效果。如果牙齿出现了排列不齐的现象，通过矫正的方式能够达到改善的目的，在矫正的时候需要将牙齿拔干净，如果没有拔干净可以将牙根再次拔掉，能够达到改善的目的。通过矫正牙齿的方式，能够使牙齿排列整齐。
旦智齿根部留在里面，危害并不是很大，当创口长平时，剩下的根也都会再长出来，刚拔完创口，不能吃太烫的食物，拔除难度大的可以输头孢治疗，或者氯己定的漱口水消炎抑菌，也可以吃甲硝唑进行消肿。
可以去正规医院口腔科拍摄一张该牙齿的x线牙片，观察有无残根残留在牙槽窝里面，明确病因，采取进一步的方法。如果残根的长度长于3mm，要进行手术将其拔除掉。如果残根的长度短于3mm，可以口服消炎药物辅助治疗。
