做肠镜检查基本上是不会感染疾病的。腔镜室一般会有几套内镜，每个病人检查完以后，会进行清洗、消毒之后才会给下一个病人检查应用，消毒以后的肠镜基本上不有会致病的细菌和病毒等。
生殖感染又称为性传播疾病。其是一组以性接触为主的传播方式。临床较常见生殖感染为淋病，梅毒等、非淋菌性尿道炎，尖锐湿疣、沙眼依原体，软下疳等、生殖器疱疹，滴虫病、乙型肝炎及艾滋病。如果患者不注意及时治疗，容易导致病情加重，危害健康，并且不注意护理，还容易感染他人。
生殖感染疾病挂什么科，不同性别可能会出现不同。
1、生殖感染疾病：可以挂泌尿外科或男科，属于性病范畴的也可以挂皮肤性病科。
2、生殖感染疾病：生殖感染疾病可以考虑挂妇科，如妇科疾病累及下尿路引起膀胱炎、尿道炎，应同时挂泌尿外科或肾内科，性病范畴的也可以挂皮肤性病科。
生殖感染疾病一般有滴虫性阴道炎、生殖器疱疹、尖锐湿疣、梅毒等。
患者可能被细菌、病毒、真菌、支原体等病原体侵入，进而导致滴虫性阴道炎、细菌性阴道炎、生殖器疱疹、尖锐湿疣、梅毒等疾病，出现白带异常、局部恶臭、外阴皮肤菜花样病变等情况。患者在做阴道镜、白带常规等检查明确病情后，再对症治疗。
胃镜肠镜一般不会感染乙肝病毒，只要患者到正规医院进行胃镜、肠镜检查等，都有一定的安全保障。
由于在检查前医院要先让患者接受艾滋病，乙肝，丙肝，梅毒等传染病的检测，当结果为阴性时，再接受胃肠镜检查。如检验结果为乙型肝炎时，院方将采用特殊胃镜或肠镜，并和普通病人隔离开来，且在每一次检验后，都将彻底消毒，可有效地避免交叉感染。
生殖感染一般建议使用广谱抗菌素治疗。
生殖感染也叫性传播疾病，是以性接触为主要传播方式的一组疾病。广谱抗菌素治疗包括头孢菌素类、喹诺酮类、大环内酯类这三类药物，最常见有罗红霉素、多西环素、米诺环素、阿奇霉素等。
具体用药建议去正规医院，在医生指导下对症用药。