真菌性疾病与真菌感染有关，具有传染性，如果不治疗既有可能自身传染，也有可能传染给其他人。目前这种皮肤病主要采取抗真菌药物来治疗，积极的配合医生治疗效果还是比较好的，治疗的同时还需要注意局部卫生，局部干燥。
采用外用疗法治疗手指甲真菌感染，根据药剂的不同，分为浸泡，局部涂抹，封包削治。治疗时需配合去除病甲，故一般没有内服法方便，但却安全、无痛苦、无副作用。使用药的时候不要吃辛辣与刺激的食物。
指甲真菌感染可内服药物，单纯服用抗真菌药物，如灰黄霉素、氟康唑、斯皮仁诺等药物均有一定疗效，并且方便，但因为这类药物必须达到真菌所寄生的甲板处，才能发挥抗菌作用。患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
脚气病主要是由真菌感染引起的一种常见皮肤病。根据脚气的不同类型，所需的药物也不同。病人应该接受对症治疗。例如，水泡型脚气应该用抗真菌治疗，但含酒精的脚气水和其他药物应该避免过敏反应。也可以溶液湿敷患处。
一般来说，耳朵上真菌感染可以使用药物治疗。
外耳道真菌感染，外耳道会出现豆腐块般的白色分泌物，外耳道和耳廓也会出现红肿、潮湿的情况。可以将外耳道的分泌物用温水清洗，然后用抗菌药物滴在耳廓上，持续使用一个星期，直至所有的外耳道和耳廓症状都消失，并保持干燥。在治疗过程中要避免食用辛辣刺激的食物，辛辣刺激的食物和酒精会刺激外耳道和耳廓粘膜，导致病情反复发作。
肺上有真菌感染也叫做真菌性肺炎。通常情况下，患者可以通过药物治疗的方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果出现发热症状，可以口服布洛芬、醋氨酚等非甾体类退热镇痛药物；咳嗽的时候可以口服可待因、右美沙芬等；痰液粘稠或痰液明显时，可用盐酸氨溴索、溴己新等药物进行祛痰治疗，同时根据感染真菌的种类选择抗真菌药物，如氟康唑、伊曲康唑等。