肠结核鉴别是由结核杆菌感染而导致一种病变，通过降低自身的免疫力好而出现的一种病症。通常采用的治疗方式是抗结核治疗，还有就是抗免疫治疗。平时注意饮食清淡，忌辛辣。
多数肠结核病人有结核中毒症状；而克罗恩病病人多有口腔溃疡、肛周病变、关节痛等肠外表现。内镜下肠结核的特点是环形的溃疡，溃疡周围黏膜呈鼠咬状；而克罗恩病的特征表现为纵型溃疡、黏膜铺路石样的改变。肠结核比克罗恩病的回盲瓣更容易受累，大肠结核受累的回盲瓣变形，开口多固定；而克罗恩病受累的回盲瓣常变形，开口多闭塞。
肠结核的检查主要有专科医生的病史询问、体格检查，以及一些实验室和器械辅助检查，比如血常规、红细胞沉降率、胸部的X平片这些一般检查。还有就是需要相应的比较特殊的，比如X线的钡餐或者钡剂灌肠检查、显微结肠镜检查，必要的时候可以在镜下进行活体组织的病理检查。
肠结核一般起病较缓，且早期症状不明显。肠结核的临床表现分为两大类。一是全身症状有潮热，盗汗，发热，乏力，营养不良，消瘦等。还有消化道症状腹痛，腹泻，便秘，大便带血等。
肠结核是由结核分枝杆菌，引起的肠道慢性特异性感染，是一种常见的结核病。当然，近几十年来发病率已明显减少，肠结核主要是由人型结核分枝杆菌引起，通常引起肠道病变，主要是经口感染，患者多有开放性肺结核或者喉结核，因经常吞下含结核分枝杆菌的痰液而引起疾病，经常和开放性肺结核病人密切接触，也可以被感染结核分枝杆菌进入肠道后，多在回盲部引起结核病变。
腹痛，因病变常累及回盲部，故疼痛最常见于右下腹，触诊时可发现局限性压痛点，增生性肠结核并发肠梗阻时，腹痛主要为绞痛，并伴有肠梗阻的相应症状。腹泻与便秘，腹泻是溃疡型肠结核的主要症状之一。