脑炎患者通常情况下，只要痊愈，病人就没有后遗症，脑炎患者常常会在身体抵抗力较差、细菌、病毒、真菌等，寄生虫等易感染中枢神经系统引起病人脑炎。
通常情况下，脑炎患者都会依据感染病原体不同而表现出相应症状，对大多数脑炎患者来说，都会表现出发烧、头疼、恶心、呕吐等症状，癫痫和其他病症。这类病人一旦发生脑炎就需及时抗感染治疗，由于脑炎病人，如不及时治疗，病人常发生某些神经系统后遗症，有的还可致死。
脑炎后有可能会留有后遗症，如言语不利，肢体活动不灵，癫痫发作等。只有在早期积极正规治疗脑炎，有癫痫就控制癫痫发作，没有方法可以彻底解决。不过癫痫控制好，可以逐渐减药。
如果各种检查没有异常发现，基本是没有后遗症的。但当脑细胞出现不可逆性的损伤后，脑炎就会留下后遗症。但不会出现疾病控制之后，后遗症症状加重的状况，不过随着年龄增加，获取技能的能力也会越显不足。
婴儿脑炎的后遗症一般都是会出现智力缺陷，大部分脑延及时治疗好后不会有后遗症的。目前对于脑炎的远期预后特点了解相对较少，神经及认知后遗症可能被低估了。通常说的小婴儿，就是新生儿脑炎，将来可能会出现脑积水性格改变等情况。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
一般是由于治疗不及时或不彻底,部分小儿可出现智力减退,听力减退,可以间接地影响小儿智力发育,小儿应加强营养,锻炼身体,增强抵抗力。目前治疗效果比较好的是靶向修复疗法。