脑炎主要是微生物感染造成的。
脑炎发病一般由外界病菌侵染中枢神经系统引起。其中最为重要的一种就是由各种致病微生物引发的脑炎。外界病菌中仍以细菌和病毒最为普遍，真菌是其主要致病菌，它们会随着血液流动，通过血脑屏障，向脑膜侵犯，脑实质和其他部分，并导致相应组织细胞坏死和水肿等症状。患者需要及时前往医院就诊，以免导致病情加重。
脑炎是由于各种病原微生物感染，引起脑实质的炎型损伤包括脑组织坏死，常见的病原体有病毒、霉菌、细菌。主要通过呼吸道、消化道、蚊虫叮咬、接触传染的。病因不同，治疗的办法也是有所不同的，要根据病因选择治疗方案。去医院明确病因之后，对症治疗。一定要注意做好卫生护理措施，避免感冒感染的发生。
小孩脑炎引起的原因，有细菌、有化脓性的、结核性的、病毒性的或者是支原体，或者是寄生虫等感染所引起的脑部炎症。当各种感染在脑实质内形成炎症，可以是弥漫的，也可以是局限的。
病毒性脑炎主要是病毒的感染病变导致而成的。身体缺乏特异性的治疗导致的病毒性脑炎，但由于病程自限性，急性期正确的支持与对症治疗，是保证病情顺利恢复、降低病死率和致残率的关键，西医治疗本病疗效较好。
小儿时期是各种脑膜炎多发的年龄阶段。常见的脑膜炎有化脓性、病毒性、结核性、真菌性脑膜炎，其共同特点均表现为发热、头痛、呕吐、烦躁惊厥及昏迷等。可见有很多原因引起，病毒多见，细菌、支原体等也较常见。脑炎都是重症。
引起自身免疫性脑炎病因尚不明确，是由于免疫系统发生识别错误，产生了针对神经系统组织的抗体，从而攻击自身神经系统所产生的一系列症状，可能是因为一些不明原因的刺激，或者一些病毒感染，造成自身免疫功能出现异常。