自身免疫性疾病会出现多次靶器官受累，易损害中枢神经系统。如果自身免疫存在问题，需要调节免疫功能，必要时加用免疫抑制剂。脑炎治疗方案需要神经内科医生在评估病情后予以制定。需要消炎、降颅压。脑炎会有后遗症的。
自身免疫性脑炎是一种和免疫相关的中枢神经系统炎症，是机体自身免疫机制针对中枢神经系统抗原产生免疫反应所导致的。主要表现为以淋巴细胞为主的脑实质炎细胞浸润。
自身免疫性脑炎，其治疗起来相对较难。治疗主要是通过留取少量的脑脊液做细菌培养以及药物敏感实验，选择有针对性的抗生素抗炎药物治疗，同时配合腰椎穿刺可以取得很好的治疗效果。
大多数疾病是常染色体隐性遗传，并且及其杂合亲属的成纤维细胞培养物中，可以发现增加的黏多糖。可以做个脑电图来检查，明确诊断。治疗方面，主要是运用抗癫痫治疗，然后配合抗病毒类的药物。如果这些方法都效果不太好，需要进行一下手术治疗。
由于免疫反应引起的脑部无菌性炎症，会出现的低烧，头晕，头痛，精神状态不抠，恶心呕吐，严重影响了没有不正常的生活，应该是早期的，一般至少需要治疗六个月以上的，六个月以后可以考虑减量服用药物，避免对身体形成严重的伤害。
脑炎患者通常情况下，只要痊愈，病人就没有后遗症，脑炎患者常常会在身体抵抗力较差、细菌、病毒、真菌等，寄生虫等易感染中枢神经系统引起病人脑炎。
通常情况下，脑炎患者都会依据感染病原体不同而表现出相应症状，对大多数脑炎患者来说，都会表现出发烧、头疼、恶心、呕吐等症状，癫痫和其他病症。这类病人一旦发生脑炎就需及时抗感染治疗，由于脑炎病人，如不及时治疗，病人常发生某些神经系统后遗症，有的还可致死。