一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
卵巢囊肿的性质很多。囊肿怎么治疗主要和囊肿的性质有关系。一些生理性的囊肿，比如黄体囊肿，吃药可以消散，或者不吃药，观察两三个月经周期也能自然消掉。再就是炎症引起的炎性包块，也是用药就可能治疗好，囊肿比较大，超过五厘米以上，或者性质不是囊性的，而是囊实性的，或者实性的，一般需要手术治疗。
卵巢囊肿一般是手术治疗为主。卵巢囊肿分为肿瘤性和非肿瘤性两类，其中，与非肿瘤性的那种，一分为生理性和病理性的两种类型。对于生理性的卵巢囊肿，可以不必治疗，可能会自己消失，定期观察即可。对于直径小于五厘米的病理性的卵巢囊肿，可以使用药物治疗或是物理疗法。直径大于五厘米的卵巢囊肿一般需要手术治疗。
无症状的可以保守治疗，也可试用一些中医治疗方法，卵巢囊肿是卵巢肿瘤的一种，各种年龄均可患病，但以20—50岁的女性最为多见，多为良性肿瘤，极少数是恶性肿瘤。可以密切随访，即2－3个月检查一次。
卵巢囊肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。如畸胎瘤，B超、平片检查可发现牙齿、骨头等特殊结构，肿瘤超过3-4cm需要进行手术处理。其它囊肿、肿瘤并无此典型表现。包块大于4-5cm，且持续存在，无法排除恶变的情况下，需进行盆腔探查，明确性质，同时进行治疗，如为恶性病变还需进一步扩大手术范围。
卵巢囊肿是很常见的妇科疾病，一般小于五公分的卵巢囊肿，一般是可以采取中药外敷的方法来调理的，如果卵巢囊肿大于五公分的话，一般是要采取手术的方法，手术的方法比较有风险，所以不应使用，一般要多休息。