儿童做核磁共振检查本身没有危害，只是孩子较小，可能不太能配合医生。
因为做核磁共振检查的时间比较久，多数儿童会有一定程度的恐惧心理，需要好好的安慰孩子。婴幼儿，特别是不配合的儿童可能需要镇静，吃镇静药可能就会有增加睡眠的副作用，基本上没有远期危害，也不用过于担心，核磁共振检查出的疾病病灶本身才是家长应该担心的。
建议在做核磁共振前，先和孩子做好沟通，安抚好思想情绪等。
核磁共振没有电离辐射，对人体健康是没有危害的。主要可能存在一些风险，一个是核磁共振机器运转时会产生明显噪音，而且检查时孩子需要一个人躺在一个相对封闭的空间，会出现恐慌的情绪，长时间处在这样的环境下，噪音会引起耳鸣等不适，只要用棉球塞住耳朵，耐心安抚孩子情绪。
核磁共振是一项很完善的检查，对人体健康是没有任何危害的，但对于宝宝来说可能就会有小小的影响，比如噪音引起孩子恐慌。
婴儿做核磁共振这项检查的时候会有很大的噪音，因为婴儿的身体包括耳朵都是非常脆弱的，在做这项检查的时候，很可能会影响到婴儿的听力问题。因为婴儿会随时的哭闹，如果在做检查的时候哭闹就会影响到检查结果，在这个时候如果一些镇定剂的话，剂量过大也会对婴儿的正常发育造成影响。
建议：若小儿出现恶心呕吐、嗜睡等不适，需要警惕神经系统疾病以及颅内疾病，需要做核磁共振，家长不用担心。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
核磁共振是通过核磁共振来检测人体的内脏，不会产生辐射，所以不会对人和大脑造成危害，甚至连婴儿都不会造成危害。核磁共振的时候，身体要保持平稳，正常的扫描要20分钟，如果要做X光或者做血管造影，则要花费更多的时间，所以，宝宝只能在睡觉的时候做，或者是在睡觉的情况下使用镇定剂，这样才能让手术成功，影像清晰，结果也更加可信。
一般情况下，核磁共振是神经外科最常用的技术之一，应用于大脑病变患者，甚至是癫痫症患者。MRI可以检测到脑部的组织是否有任何的问题，比如肿瘤、出血、创伤、脑组织的畸形等。而且，清晰度更高，甚至可以通过谐波检测，观察到微小的损伤。CT会产生一些放射性物质，对于一些孕妇和即将受孕的女性来说，最好不要接触。而核磁共振成像则比较无放射性，因而更为保险。
