婴儿灌肠的好处是能够保证药物的使用时间，用药周期和药物剂量的准确。不受饮食哭闹等因素的影响，也没有像输液后的各种不确定因素影响。缺点是必须上医院，有专业人员操作。另外在操作过程中或者是操作不当，肛管容易造成肠道粘膜破损。长时间反复的操作，容易造成肛门失禁。
孩子观察好处就是没有明显的痛苦，用药后吸收也比较快，但是坏处也有的，很可能会导致梗阻或者胃肠道不适的情况，所以应该根据孩子具体的情况来制定合理的治疗方式即可，多休息。
好处能够在短时间内将粪便排除干净，是一种比较好的通便方法，短时并间断进行灌肠，对身体健康影响不大，副作用也少，坏处直肠粘膜的褶皱较少且无绒毛，液体容量和吸收面积都比较小，因此对药物的吸收比较缓慢，药量能够进入血液循环的也是十分有限的。
灌肠用药可以避免口服，对于一些孩子抗拒用药，或者药物本身非常苦的情况下，灌肠可以让孩子能得到有效的药物治疗。灌肠的方法退热效果不确切，药物吸收率也不精确。同时，灌肠的时候会给孩子带来一些不舒服的感觉，而且有可能会刺激宝宝肛门和直肠，引起大便，导致灌肠以后药物很快排出。
一般灌肠治疗是把液体和药物通过肛门注入肠管来达到清洁和治疗目的。如果孩子不配合，灌肠的好处能够避免打针吃药能起到药物退烧和治疗作用，但是坏处是灌肠时不小心可能导致肠穿孔和出血等肠壁受伤，因为小孩的肠壁比较薄。
灌肠可以局部用药，对全身的影响比较小，灌肠可以直接作用于消化道，对于孩子便秘、肠炎等引起的消化道问题，具有明显的改善、治疗作用。但是婴儿灌肠也有一定的坏处，如果灌肠操作不当，尤其是灌肠压力过大，会导致孩子出现肠穿孔。会导致肠道菌群的紊乱，因为灌肠的药物会干扰孩子的正常肠道菌群，从而引起肠道菌群的紊乱，孩子会出现便秘、腹泻等其他的消化道症状。