巧克力囊肿是子宫内膜异位在卵巢内，随着月经周期异位的子宫内膜发生周期性出血，导致了卵巢囊肿。由于其内囊液呈巧克力样，故称为巧克力囊肿。要在腹腔镜下做囊肿切除术，术后药物治3到6个月，预防囊肿复发。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型，可引起进行性痛经和不孕。引起巧克力卵巢囊肿的原因很多，要去当地正规专业医院进行检查确诊后及时治疗。选择合适的治疗方法都是可以的。
卵巢巧克力囊肿是可以治好，但是在治好以后有可能再次复发。尤其是双侧卵巢巧克力囊肿，而且囊肿又比较大的时候，即使是行腹腔镜手术将囊肿切除，在手术后半年以上有可能再次出现巧克力囊肿。
本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。子宫内膜出现在别的地方。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
主要靠病史、症状和体征。常见的检查有：妇检、超声诊断、MRI、CT、腹腔镜及实验室检查。痛经的症状明显减轻，无阴道出血现象，无下体疼痛现象，这些都可以判断巧克力囊肿是否治好。