如果结石小于5毫米，输尿管结石可以通过多喝水、多排尿、口服这种药物、多运动、尤其是多跳跃来排出。如果尿液中有血，可口服这种药物抗生素进行抗炎治疗。如果有疼痛，654-2可用于治疗，这种药物可用于治疗重度疼痛。
药物排石，尤其是对体积较小，并且对肾功能没有影响的结石。但是，它只是针对小的结石，像0.6cm以下，也有文献报道是1.0cm以下的，并且不能根本上清除输尿管内的结石，不像输尿管镜一样，可以进去以后把结石取出来，它只是一个排石作用，有它的排出率。
输尿管结石的治疗方法有保守治疗、药物治疗以及手术治疗。小于5毫米的结石是可以通过多饮水、多运动排出体外的。对于大于5毫米的结石，则需要服用药物或者手术来治疗。
可以吃一些具有清热解毒，利尿通淋作用的中药，对输尿管结石的治疗也是有一定帮助。输尿管结石单纯的使用中药治疗效果就不理想，这时候大部分病人需要进行手术治疗。
输尿管结石的治疗方法，根据泌尿CT平扫了解结石有没有积水、量大不大，如果通过一个部位肾积水，结石可以体外冲击波碎石，而太肥胖的病人好不推送，因为病人太肥胖了，脂肪把冲击波吸收了，这些病人用内窥镜做，而内窥镜又分经尿道、输尿管用硬镜做，也可以用软镜做。
输尿管结石在泌尿外科来说是比较常见的一个疾病，主要症状一般是以肾绞痛为主要表现，往往是突然发生肾区绞痛，而且疼痛是十分剧烈难以忍受，往往会向四周放射，比如放射会阴区，还有就是男性可以放射的睾丸、阴茎，女性可以放射到阴唇，还有就是伴随着有恶心、呕吐的症状。