巧克力囊肿平时一般会引起痛经明显，这可结合B超检查帮助诊断，进一步确诊要通过手术切除到组织送病理检查明确。一般对于5厘米以上的囊肿，应手术治疗较好，以免囊肿继续增大，影响增大也会对生育不利。目前治疗以微创腹腔镜下手术治疗为主。
巧克力囊肿是卵巢囊肿中的一种。区别是单纯的卵巢囊肿可能不会有疼痛。除非发现囊肿特别大，有卵巢瘤体扭转会出现这种疼痛，一般体检的时候能够发现。而巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，这个病的特点就是痛经，并且呈逐渐加重的趋势，用药一般不能够缓解。疼痛每个月都有，并且逐渐加重。所以区别是巧克力囊肿比卵巢囊肿疼的更严重一些。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
一般囊肿的直径小于5厘米，多为功能性囊肿，月事来后会自行减小或者消失。可以密切随访，现在只要月事按时来潮，这个就没事，月事有推迟的情况，可以使用调经药物控制治疗下。可以调理下月事，也可以使用些软坚散结的药物，使用抗生素是没有意义的等月事干净后再去复查即可。
巧克力囊肿做B超可以检查出来，但是不能确诊的，只不过单纯的显影有囊肿但是，具体不知道是哪一类的，需要做手术，将组织做病理，才能确诊巧克力囊肿如果已经确诊了，而且直径超过了3cm，就要考虑是否采取手术了，因为保守治疗已经不能治疗好了，甚至还会导致了囊肿的破裂，还是采取手术方法更好的促进卵巢组织健康。
一般是不需要通过磁共振检查，可以做B超检查确定。磁共振检查的表现非常的不确定，多变，主要是和所用的脉冲的序列和病灶内的成分有关，如果是完全出血性病灶在检查的时候TT加权图像上会显示比较均一的密度的高信号。