卵巢囊肿的分类比较多，原则上功能性的囊肿是不需要手术，有自行消褪的可能，如卵泡囊肿、黄体囊肿等，但非功能性的，如卵巢巧克力囊肿、卵巢囊性肿瘤只有通过手术才能治好。
巧克力囊肿最有可能导致不孕，女性应该及时确定病情后，进行腹腔镜或者手术治疗，饮食上宜清淡，饮食应富含营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性食物、海产品，避免高度紧张及精神刺激，保持乐观情绪及充足睡眠。
发现患有巧克力囊肿的时候一定要积极的进行手术的方式治疗，因为手术的方式治疗卵巢巧克力囊肿是目前为止能够较为彻底地清除囊肿的一种治疗方式，而且通过手术的方式还可以有效的缓解痛经，提高生活质量，对于有不孕症的病人，手术之后妊娠率能够得以提高。
大部分的不孕症不明原因的都有可能是子宫内膜异位症导致的。可以先备孕两个月，如果不怀孕应该手术治疗的。典型症状就是进行性加重的痛经，跟月经周期密切相关。尽量的减少宫腔操作的次数。
现在临床针对此种疾病，多采取治疗，即直接手术治疗。根据目前的年龄、病情、生育需求等，可以采取保守治疗，比如使用药物治疗，但是容易反复复发。孕龄妇女采取药物治疗，可以保留卵巢功能，待生育后，再考虑进行手术治疗。到正规医院系统治疗。
如果是怀孕后发现巧克力囊肿，一般是没有关系的，只要囊肿体积不是很大可以等生育的时候一起治疗的。建议不用担心，一般是不会对怀孕的胎儿有很大的影响的。如果囊肿在短期内增长速度较快，建议手术治疗。
