巧克力囊肿手术一般需要一两个小时。手术之前要消毒。手术两三天以后就可以下床活动。术后刀口会有疼痛症状。保持阴部清洁卫生，可以在月经干净后去医院妇科手术，做好术前检查，术后适当休息，不要进行剧烈活动，一个月不要同房，定期复查。注意调养生活的习惯，忌辛辣的食物，发性的食物应少吃比较好的，具体的看看恢复情况。
需要15天-30天的时间，巧克力囊肿药物治疗疗效甚微，手术或腹腔镜复发率均很高，因为囊肿和周围组织粘连严重，手术中很难将囊肿完整取出，囊肿一旦破裂，囊液流入腹腔，即可造成复发，腹腔镜更是如此。
巧克力囊肿可以根据程度选择药物治疗和手术治疗。药物治疗需要长时间坚持使用。手术治疗住院一周内即可应尽量休息，勤换内裤，禁止性生活避免引起炎症再次发作影响治疗效果。
巧克力囊肿做腹腔镜手术的情况下，术后一定要卧床休息，放松心情，打点滴抗感染，这样有助于恢复。这种手术如果是开腹手术大概需要一个小时，如果是腹腔镜手术，大约45分钟。
按着临床的要求，在术后恢复期间的这一个月之内，都是要禁止同房的，过早的同房会直接影响到子宫功能的恢复，以及造成生殖器感染，巧克力囊肿是会有存在复发率的。避免着凉的情况，建议禁止辛辣即可的，建议应该用药复查彩超的情况但是吧剧烈活动较好的，平时的情况多食新鲜的水果蔬菜较好的，建议应该营养均衡即可的。
巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种，通常手术后三个月后再开始备孕。术后要注意不可以随便服用药物，尤其是激素类的药物，可以多吃些高蛋白高营养的食物，增强体质。平时注意少吃生冷辛辣刺激性的食物，注意腹部保暖，避免身体受风着凉，不要过度劳累和熬夜。