生理因素性生活频繁内分泌因素多次流产，压力过大，输卵管阻塞等原因，另外和个人的体质也有关系的，巧克力囊肿如果不及时治疗，随着囊肿生长速度过快，就会增加女性不孕，流产等一些风险。
内分泌影响：内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果患者长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。
发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
卵巢巧克力囊肿主要的发病因素是因为有子宫内膜异位症。有子宫内膜异位症是导致不孕的主要因素，所以如果有还是进行治疗的。需要使用药物控制。也可以做卵巢囊肿切除手术以后尽早怀孕是主要的治疗方法。
卵巢巧克力囊肿通常就是由于，子宫内膜异位到卵巢上生长而形成，常见于多次的输卵管通液手术或者是人流手术等原因导致引起，或者是在月经期同房以后导致月经血逆流，而导致引起的子宫内膜异位到卵巢的表现，当卵巢巧克力囊肿小于五公分以下，而且没有引起明显的痛经，这时候就可以不用进行特殊的处理治疗。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。