对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失。
卵巢巧克力囊肿危害还是非常大的：1、导致水肿，影响生活：卵巢囊肿者除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。2、引发流产、难产：早孕时引起流产，中期妊娠时易导致卵巢蒂扭转，晚期妊娠时囊肿较大者会造成胎位异常，引起难产。
卵巢巧克力囊肿是巧克力囊肿破裂，会出现突发腹痛，且以下腹部为主，疼痛的程度取决于囊肿的大小和囊肿破裂口的大小，伴有低热。是一种妇科急腹症，要及时就医急诊检查明确诊断，确诊后要急诊手术治疗。
卵巢巧克力囊肿手术后可以完全恢复，但术后复发率约5%。子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位时，称为子宫内膜异位症。异位的子宫内膜侵犯卵巢时称卵巢子宫内膜异位囊肿。
子宫巧克力囊肿不治疗会造成严重的后果，子宫巧克力囊肿是陈旧性的积血而造成的囊肿，所以巧克力囊肿在发病时症状较轻。也不能忽视巧克力囊肿的危害性，因为一旦破裂不仅会造成子宫内发生感染还会发生宫腔黏连等一系列严重的后果。
像这种症状。巧克力囊肿一般分为两种类型，即腹腔巧克力囊肿和卵巢巧克力囊肿，通常以卵巢巧克力囊肿病人居多。对于巧克力囊肿女性病人来说，如果想要尽早的痊愈，就需要选择手术的方法进行治疗。而由于巧克力囊肿病人的病情状况不同，所以其对应的手术危险性也就不同。