巧克力囊肿的本质是子宫内膜异位症，子宫内膜本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。但是因为某些原因，现在医学目前还不清楚，子宫内膜出现在别的地方，例如卵巢。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。
一般是不需要通过磁共振检查，可以做B超检查确定。磁共振检查的表现非常的不确定，多变，主要是和所用的脉冲的序列和病灶内的成分有关，如果是完全出血性病灶在检查的时候TT加权图像上会显示比较均一的密度的高信号。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症。子宫内膜功能正常，每个月随着卵巢激素周期性改变，异位的内膜在卵巢内出血，随着月经来潮的时候出血，在卵巢内部形成巧克力样液体。每个月会增大，疾病本质是血瘀，囊肿不是肿瘤，是血瘀。
巧克力囊肿的治疗方法可采用药物或手术治疗。除了手术外，尚无一种理想的方法。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病的处理方法。饮食要多注意一点，不要吃辛辣食物。
性交疼痛，当存在于阴道穹窿部异位子宫内膜，或卵巢粘连在盆底时候，都可能产生性交疼痛。巧克力囊肿患有不孕，大多是因为病变造成盆腔粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起的。