巧克力囊肿约25%病人无症状，有症状者表现下腹痛、继发性痛经进行性加重、不孕等，该疾病不孕率高达40%。新婚，未生育，有生育要求，巧克力囊肿大小5厘米，建议手术治疗，因术后复发率高，所以术后要尽早备孕，术后可以到正规医院生殖中心进行指导备孕。
巧克力囊肿是不会影响怀孕的，但是怀孕后由于体内激素的原因可能会导致囊肿增大，要定期到医院去复查，应该是把巧克力囊肿先治疗好，再受孕比较好，同时要注意休息。清淡饮食为主。
巧克力囊肿属于一种子宫内膜异位症，是容易影响正常的怀孕，可以导致出现腹痛不舒服月经失调，可以服用一段时间药物，用药观察一段时间看一下情况怎么样，如果不行一般是可以考虑进行手术处理等到身体恢复以后再考虑怀孕这样是比较合适的。
巧克力囊肿是子宫内膜移位至卵巢，影响卵细胞发育而发生不育症。治疗的原则是消除焦点、减轻疼痛、促进生育、减少复发。卵巢囊肿是相对较大的，可以超导介入治疗卵巢囊肿。达到治疗疾病和根源。
因为巧克力囊肿我们也叫卵巢子宫内膜异位囊肿，它是子宫内膜异位症的一种病理表现，内膜异位症病人不孕率是高达40%。它引起不孕的原因很复杂，比如有盆腔微环境的改变影响精卵结合以及运送，而破坏子宫内膜正常代谢以及生理功能，以及卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。中重度病人，可以卵巢双管周围黏连而影响受精卵的运输，而卵巢巧克力囊肿的黏连与周围组织的黏连也是比较严重，因此它肯定是会导致不孕。
单侧的巧克力囊肿可影响怀孕，但是不会导致不孕。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，为临床常见疾病，主要由于子宫内膜异位至卵巢，逐渐形成囊肿引起。子宫内膜异位至卵巢时，每月也可脱落，但长此以往，囊肿内形成巧克力液状黏稠液体，因此临床上称为巧克力囊肿。