一般慢性淋菌性尿道炎，往往是因为在急性期，没有得到正规的治疗，或者没有及时引起重视，从而导致病情加重，引起慢性变化。对于慢性淋菌性尿道炎，还是要去正规的医院接受正规治疗。
可以在医生指导下用抗生素，如喹诺酮类、或头孢类抗生素。同时应用抗生素前，宜对该药液，先做微生物培养鉴定后再做药敏试验。由于这类慢性淋菌性尿道炎的发生，许多患者可能会开始使用抗生素而导致耐药性的产生。开展药敏试验可依据该药敏结果选择敏感性抗生素并有针对性地处理。
如果尿道有分泌物，并且已经被诊断为细菌性阴道炎，可以通过静脉注射抗生素来治疗感染。治疗期约为7-10天。同时，外用药物也可以用来冲洗局部区域。其次，应注意当地卫生，经常更换内衣，并将内衣暴露在阳光下。
非淋菌性尿道炎是指除了淋球菌之外的致病菌引起的尿道感染，目前主要是指由支原体、衣原体感染引起的尿道炎，多数是通过不洁性接触引起的。治疗上需要敏感的消炎药物治疗。每天注意个人私自的卫生清洁，勤换洗内裤，而且治疗期间禁止性生活。
淋菌性尿道炎要暴露生殖器以后，挤压可以见到尿道外口有黄色脓液一样的尿道分泌物，而且在内裤上可以看到黄色分泌物的污染结痂。取尿道分泌物，可以在涂片中发现革兰氏阴性的双球菌，这是最快的检测方法。
非淋菌性尿道炎的治疗就是要在治疗期间，除了配合医生的治疗之外，还要注意饮食，要保持良好的心态，平时洁身自爱，私生活不要过于混乱。预防感染应该做好隔离工作，避免传染给别人。
临床的表现有着和尿道炎相似的表现，但是在分泌物中查不到淋球菌，细菌培养中也无法看到淋球菌的生长。治疗非淋菌性尿道炎，可以采用新型的合成抗菌药喹诺酮类，不仅仅对衣原体，支原体有效，对淋球菌也有高度的敏感作用。