子宫内膜薄有很多原因，一是因为激素水平不高，不能有效刺激内膜生长，二是可能有反复多次的损伤造成内膜生长障碍，比如人流等，如果月经不调，一是有可能未在排卵前内膜较厚的时候监测到，二是因为激素水平不够。
内分泌紊乱性疾病导致的子宫内膜偏薄，因为子宫内膜是在雌激素的作用下出现，增值的，如果患者体内雌激素水平比较低或者雄激素，泌乳素等水平比较高，对抗雌激素，可以出现子宫内膜薄，月经量少的情况。
子宫内膜薄，主要是卵巢功能不好引起的。卵巢主要是分泌体内的各种性激素。内膜主要是靠卵巢分泌的雌性激素来增长。一般需要调理3到6个周期，平时营养丰富，饮食搭配合理忌吃辛辣油腻食物。
子宫内膜薄是因为有的人先天性子宫内膜薄，其次如果是激素水平低，会限制子宫内膜增生及修复，孕激素水平高也会导致子宫内膜薄。去医院做个妇科经彩超，首先看子宫内膜的厚度及卵泡大小数目，看有无占位性病变。也可以查性激素六项评价卵巢功能。
先天因素，部分女性子宫内膜先天偏薄，宫腔的操作，有流产史的女性、存在宫腔操作史，容易造成宫腔粘连或子宫内膜的损伤，子宫内膜结核，结核病毒易侵害生殖器官，造成子宫内膜结核，侵蚀子宫内膜，导致其逐渐变薄。
导致子宫内膜薄的原因有全身性的，常见的原因有雌激素水平低、孕激素水平不足和存在排卵障碍和缺乏生长激素等，也有局部的原因，例如内膜损伤，粘连和缺如等，在人工流产后，子宫内膜尚未恢复，也会导致子宫内膜薄。