该病毒存在于局部皮肤黏膜下，单纯去掉皮肤表面的疣体是治标不治本的，只有清除病毒才能达到治疗。肛门病毒疣的治疗目的，主要在于清除表面湿疣的同时消除其潜伏的亚临床症状及所含病毒，达到彻底治疗，一般的物理手术治疗，激光电灼冷冻等。
易擦之糜烂出血，少数人有疼痛及瘙痒，肛门、直肠、阴道、子宫颈尖锐湿疣可有疼痛，性交痛，局部分泌物或白带增多、若继发感染、分泌物增多或清洗不够，可伴恶臭，有肝脏病变或女性妊娠期间，疣体迅速增大，皮损长期不愈。
宝宝肛门病毒疣需要去正规医院皮肤科或者三甲医院检查，指导积极治疗非常重要。目前主要通过CO2激光治疗措施，也可以做二氧化碳激光或者液氮冷冻治疗，恢复期间保持创面清洁干燥，掉痂后再湿水。
可以去进行液氮冷冻，激光或冷冻或者火针治疗，这是非常有效果的办法。疣是人类乳头瘤病毒所引起，是由病毒引起的一种皮肤表面赘生物，具有一定的传染性。平时要避免抓挠，以防止感染。
出现疣可以采取冷冻的方法治疗，另外可以根据病情使用抗病毒药物治疗，可以到医院皮肤科就诊，在医生指导下进行治疗。平时要注意皮肤卫生，避免挤压摩擦疣体，防止出现异常影响，防止出现增大增多。
病毒疣具体的治疗方式也各不相同，所以也不能确定哪一种是最好的。
目前疣的治疗方法有冷冻、电灼、激光、外用药物等。其目的是破坏疣体，调节局部皮肤生长，刺激局部或全身的免疫应答。
治疗要考虑疣的类型、年龄、治疗史和治疗效果，任何一种治疗都要在2~3个月内进行。注意并不是全部疣都要治疗，有些疣如果不经过处理就会自动消退。
