生殖器部位长有一些小水泡，有可能是炎症和生殖器疱疹，这两种病都有类似的症状，到医院进行检查治疗，以免对身体造成不利影响。平时要多注意自己的个人卫生，不要用手去挠，勤换洗贴身的衣物，清淡的饮食。
可能是龟头炎或者生殖器疱疹引起的，生殖器部位如果出现了水泡明显增多，或者是出现有脓水流出的现象，需要到正规的医院检查病情，一般选择使用B超检查，或者分泌物检查的方法进行疾病的判断，根据病因进行合理的治疗。
一般来讲，生殖器上有小水泡，主要是由于生殖器疱疹病毒引起的，这种病毒会通过性接触传染，感染后会在阴茎、阴囊、冠状沟、外阴、腹股沟、肛门等处长出透明的小水泡，水泡内液体清澈，但伴有明显的瘙痒和刺痛，可以使用阿昔洛韦、更昔洛韦等药物进行抗病毒治疗，局部使用干扰素软膏进行抗病毒治疗，一般情况下10天左右就会好转。
一般情况下，生殖器长水泡可能是单纯疱疹病毒感染、局部受刺激、细菌感染等原因导致的。具体内容如下
1.单纯疱疹病毒感染：生殖器长水泡可能是由单纯疱疹病毒引起的，在阴茎上会有小水疱，并且由于皮肤比较薄，很容易破裂，在破溃后就会产生一定的溃烂，建议患者及时就医。
2.局部受刺激：如果患者的内裤材质不佳，身体局部受到了太多的磨擦刺激，可能会导致生殖器长水泡，建议患者及时更换舒服的内裤。
痒还在生殖器上面长了小水泡考虑是龟头炎所致，多因内裤摩擦、创伤或肥皂、清洁剂局部刺激引起。表现水肿、红斑、渗出、糜烂，继发感染有脓性分泌物，易形成溃疡，自觉疼痛。
考虑是龟头炎和生殖器疱疹引起的，生殖器疱疹主要表现为生殖器出现水泡样疱疹，并伴有瘙痒疼痛等这种情况你应该到医院做相关检查，根据不同的情况采取不同的治疗方案。