用抗病毒的药物治疗，孩子咽喉部起疱疹，通常是疱疹性咽颊炎，属于病毒性感染，可以出现高烧，咽喉肿痛，疱疹破溃后可能并发细菌感染。此病有传染性，注意预防避免交叉传染。
考虑是疱疹性咽峡炎，该病大多数由柯萨奇A组病毒所引起的，是一种呼吸道感染疾病！通常为发热及咽痛，影响吞咽。看到咽部充血，并散在灰白色疱疹，疱疹四周绕有红晕，溃破后会形成黄色溃疡。注意休息有助于提高宝宝免疫力、恢复体力。同时注意隔离，避免传染其他孩子，体温在38.5℃以上，或者伴有明显发热不适时，可以服用药物治疗。
孩子咽喉部起疱疹，一般是疱疹性咽峡炎，属于病毒性感染，可以出现高烧，咽喉肿痛，疱疹破溃后可能并发细菌感染，可以吃小儿氨酚黄那敏颗粒，发烧也可以喝布洛芬悬浊液，并发细菌感染可以吃头孢克洛颗粒，高烧可以用小儿退热栓。
孩子发烧后嘴巴有疱疹可以通过药物进行治疗，具体分析如下：
儿童发热后口腔有疱疹，一般是由于病毒、细菌、呼吸道感染等呼吸道感染引起的，如支气管炎、肺炎、上呼吸道感染等。此时可以使用红霉素软膏、柴桂解毒口服液、蓝芩口服液、板蓝根颗粒、阿昔洛韦软膏、小柴胡颗粒等。体温在38.5℃或更高的温度下，应用扑热息痛、布洛芬。需要做双肺的x光片或CT检查，确定病因，并根据情况调整治疗方案。
可使用淡盐水进行漱口，或者使用消毒液体涂在溃疡的部位，口服一些维生素还有抗菌药物，局部可以使用一些肝油或者是中药气雾剂喷雾，从而达到了止痛消炎的作用，若还没及时缓解就去医院观察医治。
宝宝发烧、喉咙有疱疹，一般考虑是病毒感染引起的疱疹性咽囊炎或疱疹性口炎。治疗时应注意以下几点：
1.可局部使用利巴韦林喷雾剂或干扰素喷雾剂喷喉进行抗病毒治疗。
2.可以口服清热解毒、抗病毒的中成药，如抗病毒口服液或羚羊角颗粒等。
3.对症治疗，勤测体温，腋下体表温度大于38.5度时及时服用退烧药，如布洛芬。
4.做好饮食管理，少吃多餐，避免油腻和刺激性食物摄入。