临床上一般不用碘伏来治疗灰指甲，临床上一般用碘酊来治疗，碘酊和碘伏是不太一样的，碘伏的杀菌能力不及碘酊，而且碘酊有一定的腐蚀作用。临床上一般是把病甲祛除以后，再用碘酊每天涂抹甲床，坚持数个月的时间可以慢慢起效。
医用碘伏是浓度百分之一或者以下的一种浅棕色的液体，具有广谱的杀菌作用特别是可以杀灭细菌的繁殖体、真菌、原虫和部分病毒。对于皮肤黏膜有消毒作用，灰指甲是由于真菌特别是红色毛癣菌感染引起的，理论上来说碘伏应该可以治疗灰指甲。可以每天涂碘伏进行外治，连续使用三个月，对于不太重的灰指甲有治疗作用。
碘伏是不能治愈灰指甲的。治疗灰指甲还应以抗真菌药物为主，可以使用外涂抗菌药膏，需要注意上药前应用白醋泡布甲，以软化指甲，使用指甲锉将不规则坏甲磨薄。如果只是少量指甲患病，这种方法即可治愈。
碘伏只是临床上常用的少数抗炎和抗菌物品。通常，碘伏仅用于伤口或物品消毒。对于甲癣，它仍然是一种真菌传染病。如果想用碘伏治疗，很难达到目的，或者患者需要配合一些抗真菌药物。
灰指甲用碘酊效果更好，但是需要用酒精脱碘。碘伏就是所谓的聚维碘酮，对真菌有清除的效果，同时也是亮甲的主要有效成分，合理使用，效果和亮甲相差不大。而碘酊是碘化钾的酒精溶液，效果更强，同时毒性也更大。
