长期使用呼吸机会导致呼吸肌肉、膈肌、腹肌、胸肌等肌肉的乏力，导致自主呼吸逐渐丧失，对呼吸机产生依赖无法脱机。
通过气管插管进行机械通气，时间过久容易继发肺部的感染，常见的病原体就是绿脓杆菌，容易发生严重的肺部弥漫性感染，甚至会引起呼吸衰竭。长期使用呼吸机，卧床不起很容易导致血流缓慢，发生血栓形成导致肺栓塞。
呼吸机用于各种原因所致的呼吸衰竭、大手术期间的呼吸支持治疗和急救复苏等。一般好转后即停止使用呼吸机。另应注意每次使用严格消毒，避免引起感染、面部和鼻部肌肉受压，甚至溃疡,从而引起其他疾病的发生。
带呼吸机相对来说还是会有点副作用的，所以能不带就不要带了。因为长期使用会产生呼吸机依赖，即病人脱离呼吸机后不能自行调节，从而干扰并延长了脱机过程;还会导致肺部感染及不容易被控制，甚至可造成呼吸肌废用性萎缩等，也可能伴发肺气肿、气胸等病症，以致不利于疾病的愈合和身体的康复。长期戴呼吸机是不好的。如果病情允许，可以尽早撤机。
长期使用呼吸机可能导致呼吸机相关性肺炎。长期使用呼吸机危害具体有：
1、有创呼吸器：通常用于医院的病人急救。长期服用会导致呼吸机相关性肺炎、呼吸机依赖、脱机困难。
2、无创通气：无创呼吸机通常是在家里使用。长期使用会导致面部和鼻部的肌肉受到感染，严重的还会导致口腔溃疡等。还有就是对呼吸机的依赖性，还有就是呼吸器的幽闭。
如果长期使用持续正压通气治疗，可导致咽干，鼻干，鼻出血等不良反应。长期使用如果消毒不严格，会引起感染、引起脸部鼻部肌肉压迫，甚至引起溃疡等。也可能会产生呼吸机依赖以及呼吸机幽闭症。
长期使用呼吸机产生依赖，即病人脱离呼吸机后不能自行调节，从而干扰并延长了脱机过程;还会导致肺部感染及不容易被控制，甚至可造成呼吸肌废用性萎缩等，也可能伴发肺气肿、气胸等病症，以致不利于疾病的愈合和身体的康复。
家用呼吸机长期用是比较好的。家用呼吸机是无创呼吸机，操作比较简单，是经过呼吸治疗师，根据病人的情况调节好的，包括病人压力和呼吸频率都是调整好的。所以长期使用家用无创呼吸机是好的，特别是有呼吸睡眠暂停综合征的病人，本身就需要长期使用家庭无创呼吸机，只有这样才能够保证患者夜间缺氧得到改善，不发生因为缺氧减少脑部供氧不足，导致脑细胞损害。