如卵巢囊肿为良性，一般不用切除卵巢，只行卵巢囊肿剥除术，保留卵巢组织。手术时，卵巢囊肿一般都会送术中快速病理，如快速病理提示为卵巢恶性肿瘤，则需要切除卵巢，根据病理类型，恶性程度高低，年龄，有无生育要求，确定手术范围，有的行患侧附件切除，包括卵巢和输卵管，有的需切除全子宫加双侧附件，有的还需同时切除盆腔淋巴结，大网膜和阑尾。
停经有卵巢囊肿还有低回声可以采取手术治疗。
绝经之后的卵巢囊肿应引起重视，切勿认为是正常情况，一般比较小的囊肿在肿瘤标志物正常的情况下患者不愿意选择手术，可以给予随诊观察。每3-6个月复查1次彩超，如果短期之内囊肿增大明显，需要排除恶性病变考虑手术治疗。根据术后的病理结果决定进一步治疗。
建议卵巢囊肿患者首先是要保证饮食清淡，避免食用辣椒或者白酒或者生葱、生蒜等刺激性的食物以及一系列的发物。
患有卵巢囊肿，无论找哪种的大或者是小，都会对月经产生影响的，如果月经不来，考虑和卵巢囊肿是有关系的，可以去医院妇科做一个检查，卵巢囊肿比较大的情况下，是进行手术治疗，注意休息，不要熬夜，保持心情愉快。
停经3个月卵巢囊肿可通过口服药物和手术的方法治疗。
卵巢囊肿患者需要到医院通过彩超来进行检查，根据囊肿的大小选择合适的治疗方式。对于卵巢囊肿的体积没有超过5CM，可通过口服抗生素和活血化瘀的药物来进行治疗，也可使用激素类的药物缓解。对于比较大的囊肿，就需要通过手术的方法治疗，主要包括卵巢囊肿剥除术。
采用手术治疗的患者需定期到医院做复查，以便于观察囊肿的大小变化，做到早发现和早治疗，并且要养成规律的饮食习惯。
有些卵巢囊肿会在月经后逐渐变小，甚至消失，这种属于生理性的囊肿，像卵巢黄体囊肿以及生理性的卵泡等，都会随着体内雌孕激素水平的改变而发生改变。只要卵巢囊肿直径小于6cm，没有任何的症状就不用处理，定期复查就可以。但是有些卵巢囊肿是因为炎症刺激导致的，如果出现了腹痛，破裂，扭转，甚至是持续存在3个月以上，卵巢囊肿的直径大于6cm，就要做手术来治疗。
