对先天性肛门闭锁的治疗，均以手术为主。肛门直肠狭窄：对肛门直肠狭窄的新生儿，不可采用手术方法。只需每天做持续扩肛即可，一般不会有后遗症。或低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。
括约肌刺激法：可使用电刺激治疗，通过电刺激随意肌的锻炼，使无力的肌肉恢复功能。抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗等。
行为治疗，进行行为干预，注意力训练，适用于功能影响很轻和学龄前患儿，行为控制可以达到治疗目的，则不进行药物治疗。中医治疗，在治疗中强调身心同治，增强患者的思维和应变能力，利用现代医学心理学配合，以调理脏腑、开窍醒脑、定志安神等中医理论为准则，辨证治疗。
综合治疗，原则为控制炎症，根据病原对症用药，改善通气功能、对症治疗（可给予氧疗，加强气道管理，保持呼吸道通畅）防止及治疗并发症。呼吸道治疗，肺炎主要是呼吸道感染，所以治疗是要以呼吸道治疗为主，可通过做雾化进行缓解，雾化可稀释气管内的分泌物，使其容易排出。
针灸疗法，适合脾肾两虚者，可选用脾俞、肾俞、足三里、中极、关元、命门等穴，用补法；药物治疗，可以用一些抗真菌类的药物，也可以局部冲洗，症状明显严重可考虑输液治疗，都具有比较好的效果。
介入治疗，是在超声引导下，用细针经腹壁直接穿刺到病变组织内，注入药液使病变组织在原位灭活、萎缩、纤维化的治疗方法。腹腔镜肾囊肿去顶减压治疗，分为腹腔入路和后腹腔入路，创伤小，恢复快，减压彻底。
