可以用一些药物进行治疗，出现痛经，考虑跟巧克力囊肿有关系，在医生指导下用一些药物进行调理，具体能否治好，完全治好，现在还不能确定。在医生指导下进行调理，平时在生活方面也要注意多喝水，多吃青菜，少吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
巧克力囊肿需要去正规医院治疗。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。以经期注意腹部保暖，不要吃刺激性食物，注意保暖，痛经疼得厉害需要用药治疗。对于过于肥厚的肉品，也要忌食。
巧克力囊肿不进行治疗，对于女性身体的健康的影响还是非常大的，尤其是患者不够重视疾病，病情越拖越严重，不但会影响到女性的正常生活，导致女性不孕，甚至恶变影响到患者的生命安全。可以考虑协和医院，大学第一医院，妇产医院等。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。子宫内膜出现在别的地方。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。
