巧克力囊肿约25%病人无症状，有症状者表现下腹痛、继发性痛经进行性加重、不孕等，该疾病不孕率高达40%。新婚，未生育，有生育要求，巧克力囊肿大小5厘米，建议手术治疗，因术后复发率高，所以术后要尽早备孕，术后可以到正规医院生殖中心进行指导备孕。
单侧的巧克力囊肿可影响怀孕，但是不会导致不孕。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，为临床常见疾病，主要由于子宫内膜异位至卵巢，逐渐形成囊肿引起。子宫内膜异位至卵巢时，每月也可脱落，但长此以往，囊肿内形成巧克力液状黏稠液体，因此临床上称为巧克力囊肿。
巧克力囊肿是子宫内膜移位至卵巢，影响卵细胞发育而发生不育症。治疗的原则是消除焦点、减轻疼痛、促进生育、减少复发。卵巢囊肿是相对较大的，可以超导介入治疗卵巢囊肿。达到治疗疾病和根源。
巧克力囊肿的怀孕几率要结合囊肿的大小以及病程的长短来看。巧克力囊肿随着月经次数增多，会逐渐长大发生破裂，囊液流入盆腔，从而引起输卵管黏连堵塞，导致怀孕几率下降。如果是巧克力囊肿的早期，囊肿未破裂，输卵管走形正常，则仍然有较高的怀孕几率。
巧克力囊肿是不会影响怀孕的，但是怀孕后由于体内激素的原因可能会导致囊肿增大，要定期到医院去复查，应该是把巧克力囊肿先治疗好，再受孕比较好，同时要注意休息。清淡饮食为主。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型。随着病情的发展，可出现痛经、持续性下腹疼痛、月经失调、不孕和性交痛等病症。因为异位的巧克力囊肿每次月经来潮，卵巢内就会出血。引起不孕的原因有两点∶一是卵巢的排卵功能受影响。二是引起粘连，导致输卵管不通。