通常手术治疗。肛瘘是常见的直肠肛管疾病之一，任何年纪皆可发生，特别常见于青壮年男性。肛瘘不能自愈。医治原则是将瘘管切开，导致敞开的创面，促使愈合。手术办法好多，手术时应依据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系。
肛瘘是无法自愈的，只能通过手术治疗，一般在腰硬联合麻醉下，做肛瘘切除手术或者是肛瘘挂线手术。挂线治疗的一般在两周左右脱线，伤口一般在术后一个月左右完全恢复。平时可以吃一些清淡的食物，可以多吃一些水果蔬菜，有利于补充维生素，平时应该多运动，增强体质，有利于提高自身免疫力。
肛瘘的治疗方法，只有通过手术术后肛瘘的恢复时间，主要按术前肛瘘是低位单纯性肛瘘还是高位复杂性肛瘘来决定一般低位单纯性肛瘘两周左右伤口就能长好，而高位复杂性肛瘘，因为跨越了括约肌，并且伤口的深度较深，引流不畅，手术的恢复时间可能需要20天甚至一个月。并且肛瘘术后的换药的重要性和手术相比也同等重要。
肛瘘手术后应该吃容易消化的食物，多吃含纤维，比较多的食物，保持大便通畅。不吃辛辣刺激性食物，多吃蔬菜水果。同时应该避免久坐受凉。可以减少肛瘘的复发，注意休息和锻炼身体，保持心情愉快。
肛瘘的主要症状为肛周反复流液与肿痛。流液包括脓性、血性或者粘液性分泌物。由于分泌物的刺激，会导致肛门部潮湿瘙痒，严重的会形成肛周湿疹。肛瘘外口愈合后，如果瘘管内有急性感染，会感到明显疼痛，严重的可伴有发热、寒战、乏力等全身感染症状，当脓肿穿破外口时，疼痛症状就会缓解。有些高位肛瘘因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，会常有粪便以及气体排出。
肛瘘手术后每天出血是正常的，因为肛瘘手术不是缝合性伤口，属于开放性伤口，创面可以直接旷置而不进行缝合。病人在排便时，可能会进行肛门扩张和大便的摩擦，会从创面经过，在创面受到摩擦或牵拉时则容易引起出血。
