甲状腺囊肿多为良性。甲状腺癌合并囊肿少见，约1%~2%，癌性囊肿、囊液细胞学检查通常可见癌细胞。曾用手术治疗甲状腺囊肿，多切除囊肿。
手术操作造成的骨肿瘤疤痕，影响美观，有一定的并发症。目前多主张穿刺抽取和注射硬化剂治疗。这些固化剂能使囊壁发生无菌性坏死，阻止囊肿生成，使囊壁粘连，达到治疗纤维化、囊肿堵塞、囊肿的目的。该治疗对薄壁囊肿效果最好，有效率达94%。厚壁囊肿疗效差。厚壁囊肿实变肿块与周围组织无明显边界，囊肿内容物血性，反复抽吸后快速积聚，应警惕癌变可能，宜采用手术治疗。术中病理活检为恶性肿瘤，按甲状腺癌处理。
甲状腺囊肿一般不严重，但囊肿极有可能产生一定的压迫症状。
甲状腺囊肿是甲状腺最常见的良性疾病之一，一般无临床症状，无需特殊处理，应保持舒适，避免紧张焦虑，定期观察。如甲状腺功能减退，需口服激素药，定期复查甲状腺功能，调整用药剂量。甲状腺囊肿直径超过3cm、短时间快速增大引起疼痛、压迫气管神经引起呼吸困难、不排除声音嘶哑和甲状腺癌的情况下，应考虑手术处理，手术在全麻下进行。根据术中快速病理结果确定最终手术方式，良性病变需考虑局部切除，甲状腺癌需考虑甲状腺癌根治术和区域淋巴结清扫。
3-4mm的甲状腺囊肿一般不算严重。
甲状腺囊肿是囊腔中有细胞凋亡后残余的细胞液，没有任何征兆，囊腔发育迟缓。当囊腔直径超过1.5cm时，会有刺痛，压迫周围的组织，需要进行合理的治疗，如药物治疗、手术治疗、物理治疗等。
另外，如果检查时发现囊肿钙化，有可能是囊肿恶变，建议尽快手术，以免疾病进一步发展或引起其他并发症。
甲状腺囊肿与甲状腺结节孰重孰轻，就是不做某种评判。
如果经常在早晨起床后感到腰酸背痛的话，那一定要到医院做检查，看一下有没有钙元素不足或其他原因导致骨质疏松，这样才会对症下药，对症治疗。一般甲状腺结节中，有不少属于良性，因此，无论是良性结节还是囊肿，其实对人体并没有太大的影响，因此，病人不必再忧虑。当然，若病人结节恶性，则是甲状腺结节比较严重，并需马上手术。因为甲状腺肿瘤一旦确诊就必须马上施行外科手术治疗。
一般来说，甲状腺囊肿能治好。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。一般情况下，甲状腺囊肿属于良性病变，通常能治好。如果囊肿肿大不影响到颈部外观，或者压迫其他的器官和喉返神经，观察即可；如果特别大，影响美观，或造成身体不适，可以进行囊肿摘除术。
患者在日常生活中应当加强身体锻炼，注意保暖，饮食清淡，不吃刺激性食物多，吃富含钙质的食物，不要吃刺激和油腻的食物。
甲状腺囊肿钙化有点严重的。甲状腺囊肿一般是良性疾病。不过出现了钙化，就要根据钙化的表现进行下一步分析。囊肿并钙化良性的表现是钙化灶致密，边缘清晰。如果是微小的沙粒样的钙化，可能是甲状腺乳头状癌的表现。
