早期识别多系统萎缩的症状并不是很显著，但会出现轻微的神经系统改变、记忆力、失眠、血压不稳定等症状。
这种病没有特效药，如果病人有血压变化，比如卧姿、坐姿、直立等，或者有认识上的盲区，那么一定要去医院进行全面的综合检查，从而作出正确的判断。如果不能确定，就需要仔细的检查，收集相关的数据，结合患者的临床表现，进行全面的检查，从而做出早期的判断。
多系统萎缩不会引起打嗝。多系统萎缩是一组多个神经系统损害的疾病，不适感强烈，生活较为痛苦。会出现自主神经功能障碍，包括体位性低血压、排便障碍、胸闷、心慌、便秘、肢体出汗异常等多种症状，引起较强的不适感。
不能治好，多系统萎缩是临床上不能治愈的疾病，但通过营养神经或服用抗衰老药物，适当锻炼和合理护理，可有效延长患者寿命。多系统萎缩C型即小脑型，其发展速度相比会较慢，但目前大约5-10年就需要卧床，患者多因卧床后导致的褥疮、骨质疏松、吸入性肺炎等并发症而死亡。
开始多为一侧肢体僵硬、少动，病情逐渐发展至对侧，导致动作缓慢、步态前冲、转变姿势困难、上肢固定、少摆动、讲话慢及语音低沉等，但震颤很轻或缺如，可有位置性震颤。可以使用物理疗法，因为这些疗法简单实用而常能控制症状，如在卧位时应使头和躯干比下肢高15°～20°，常穿紧身裤和弹力袜，每天倾斜台面运动。
多系统萎缩后期不会痛苦，多系统萎缩的患者，多数预后不良。从首发自主神经系统功能障碍进展到合并运动障碍，即出现锥体系，锥体外系和小脑性运动障碍的平均时间为两年。从发病到需要协助行走、轮椅、卧床不起和死亡的平均间隔时间，各自为三年、五年、八年和九年。
多系统萎缩晚期症状即小脑症状，锥体外系症状，自主神经症状，其中89%出现帕金森综合征，78%出现自主神经功能衰竭，50%出现小脑性共济失调，最常见的组合为帕金森综合征并自主神经功能衰竭，或小脑性共济失调并自主神经功能衰竭。此外，相当部分可有锥体束征，脑干损害(眼外肌瘫痪)，认知功能障碍等。